Începând cu 22 martie 2017, este disponibil servicul Web Check-in la cursele FLYONE.
Procedura de înregistrare online a pasagerilor şi a bagajelor acestora permite de a micșora timpul de așteptare în aeroport, de a alege locul în aeronavă și de a primi cartea de îmbarcare în format electronic – pe e-mail.
Pasagerii care călătoresc doar cu bagaj de mână și au efectuat check-in online, nu sunt obligați să-l înregistreze la ghișeu. În cazul în care greutatea sau dimensiunea bagajului depășesc limitele admise, aceştia vor trebui să achite pentru excedent de bagaj, conform tarifelor stabilite de companie la ghișeul drop-off din aeroport sau la orice ghișeu la care se efectuează înregistrarea la cursa respectivă.
Web check-in-ul este gratuit dacă este făcut cu 12 ore înainte de zbor, dar nu mai târziu de cu 4 ore înainte de decolare și este disponibil pentru toate cursele directe operate de FLYONE din Chișinău și cele cu destinația Moscova-Chișinău.